Embora William Branham pregasse contra a homossexualidade, seu associado próximo Lee Vayle alegou que alguns dos outros associados próximos de Branham eram homossexuais . De acordo com Vayle , Gene Goad , Leo Mercier e Frary von Blomberg eram homossexuais , o que foi parcialmente confirmado no julgamento de Keith Loker na Suprema Corte da Califórnia .  William Branham exibiu sinais públicos de afeição com estes e outros homens, seja segurando as mãos ou colocando a cabeça em suas virilhas.

Em 1961, William Branham foi acusado pela associação ministerial de homossexualidade. Ele admitiu ter sido acusado em junho de 1961.

61-0618 - "Apocalipse, Capítulo Cinco #2"
18 de Junho de 1961

55 - Mas, veja, o que isto fez?  (Então o homem foi pego ali mesmo pelo - o FBI daqui, enviado para lá e o pegou lá, a Polícia Montada Real.) E a associação ministerial veio a mim, e, “Um homossexual,” eles dizem  , “porque, o irmão Branham provavelmente é a mesma coisa.  É assim que funciona, veja.”  O que isso está fazendo?  Para dar à trombeta um som incerto.  Ver?  Exatamente.  É sempre assim, tentando fazer coisas assim para dar um som incerto.  Isso é trabalho de Satanás fazer isso.

Rev. William Marrion Branham
App The Table - Gravações, A Voz de Deus.

Os homens do círculo interno de Branham sabiam que os membros da equipe de campanha de Branham eram homossexuais . Em julho de 2000 , Lee Vayle , que trabalhou próximo a William Branham, confessou publicamente que Gene Goad , Leo Mercier e outros eram homossexuais.